Инновационный центр «Сколково» на протяжении многих лет остаётся одной из ключевых площадок поддержки технологического бизнеса в России․ Резиденты фонда получают доступ к существенным налоговым преференциям, однако в последнее время налоговые органы стали внимательнее проверять правомерность их применения․ Разберёмся, какие льготы доступны резидентам «Сколково», как они сочетаются с упрощённой системой налогообложения (УСН) и какие риски существуют сегодня․

Какие налоговые льготы предусмотрены для резидентов «Сколково»

Статус резидента «Сколково» даёт компаниям право на ряд существенных налоговых преимуществ, установленных Налоговым кодексом РФ:

• Освобождение от налога на прибыль — резиденты освобождаются от уплаты налога на прибыль организаций на срок до 10 лет с момента получения статуса (при соблюдении условий по выручке и прибыли);
• Освобождение от НДС, в отношении операций, связанных с реализацией результатов исследовательской деятельности;
• Освобождение от налога на имущество — в отношении имущества, используемого в рамках проекта «Сколково»;
• Пониженные страховые взносы — тариф 7,6% вместо стандартного (в пределах установленной базы)․

УСН и статус резидента: особенности совмещения

Многие резиденты «Сколково» работают на упрощённой системе налогообложения․ Здесь важно понимать ключевой нюанс: льготы «Сколково» по налогу на прибыль и НДС актуальны в первую очередь для компаний на общей системе налогообложения (ОСНО)․ Организация на УСН и так не платит налог на прибыль и НДС (за некоторыми исключениями), поэтому для неё основная ценность резидентства заключается в:

• пониженных страховых взносах;
• освобождении от налога на имущество;
• грантовой поддержке и инфраструктуре фонда;
• имиджевых преимуществах при привлечении инвестиций․

При этом резидент на УСН обязан соблюдать все условия применения упрощёнки: лимиты по доходам, численности сотрудников и остаточной стоимости основных средств․

Актуальная ситуация: претензии ФНС к резидентам

В 2025–2026 годах налоговые органы заметно усилили контроль за применением льгот резидентами «Сколково»․ По сообщениям СМИ, более 50 компаний, утративших статус резидента, столкнулись с претензиями ФНС․ Налоговики считают, что ряд организаций неправомерно применял льготы, в т․ч․:

• совмещал льготы «Сколково» с IT-льготами — законодательство не предусматривает одновременного применения пониженных страховых взносов по обоим основаниям;
• не соответствовали критериям резидентства по существу — например, экономическая модель бизнеса не соответствовала заявленной исследовательской деятельности․ Показателен кейс сервиса Whoosh, где, по мнению экспертов, модель бизнеса противоречит налоговой квалификации деятельности как резидента «Сколково»;
• продолжали применять льготы после утраты статуса резидента․

Как минимизировать риски

Компаниям — резидентам «Сколково», работающим на УСН, рекомендуется:

1. Выбрать одно основание для пониженных взносов — либо льгота «Сколково», либо IT-льгота, и зафиксировать это в учётной политике;
2. Подтверждать реальность исследовательской деятельности — вести проектную документацию, отчёты, фиксировать результаты интеллектуальной деятельности;
3. Своевременно отслеживать статус резидента и прекращать применение льгот при его утрате;
4. Проводить внутренний аудит применения льгот за прошлые периоды и при необходимости подавать уточнённые декларации;
5. Консультироваться с налоговыми юристами при получении требований от ФНС․

Резидентство в «Сколково» остаётся привлекательным инструментом налоговой оптимизации, в т․ч․ для компаний на УСН, прежде всего за счёт пониженных страховых взносов; Однако практика ФНС последних лет показывает: льготы нужно применять строго в соответствии с законодательством и реальным характером деятельности․ Компаниям следует тщательно документировать соответствие критериям резидентства и не совмещать несовместимые преференции, чтобы избежать доначислений, пеней и штрафов․